Sau khi bong bóng kinh tế vỡ đầu thập niên 1990, kinh tế Nhật Bản chuyển sang thời kỳ trì trệ kéo dài. Tốc độ tăng trưởng GDP thực tế bình quân hàng năm của giai đoạn 1991-2000 chỉ là 0,5%[10] - thấp hơn rất nhiều so với các thời kỳ trước.

Có sự tranh luận về nguyên nhân khiến kinh tế Nhật Bản trì trệ liên tục hơn 10 năm.

Một số tranh luận cho rằng nguyên nhân nằm ở phía cung của nền kinh tế, cụ thể là do tỷ lệ tăng trưởng tiềm năng[11] của Nhật Bản giảm sút. Những người theo trường phái trọng cung cho rằng: tất cả các yếu tố đầu vào là năng suất tổng nhân tố, tư bản, số lao động có việc làm, và thời gian lao động đều đồng loạt giảm là những nhân tố trực tiếp làm tỷ lệ tăng trưởng tiềm năng của Nhật Bản giảm đi. Các chủ thể kinh tế không nhận thức kịp thời sự giảm sút của tỷ lệ tăng trưởng tiềm năng, nên đã có xu hướng đầu tư thiết bị và thuê mướn lao động quá nhiều, gây ra hiện tượng dư cung.[12]

Những người theo trường phái trọng cầu (chủ nghĩa Keynes) cho rằng, nguyên nhân của trì trệ kinh tế ở Nhật Bản là do có khoảng cách giữa tổng cung và tổng cầu khiến cho mức tăng trưởng thực tế thấp hơn mức tăng trưởng tiềm năng. Trì trệ kéo dài là vì nền kinh tế liên tục nằm trong các pha suy thoái của những chu kỳ kinh tế (pha suy thoái có xu hướng dài hơn trong khi pha phục hồi có xu hướng ngắn đi). Chính những chính sách tài chính và tiền tệ kích cầu của Nhật Bản được tiến hành không đủ mức và không kịp thời đã khiến cho nền kinh tế Nhật Bản không thoát ra hẳn khỏi suy thoái do bong bóng kinh tế tan vỡ, và tiếp theo là rơi vào một vòng xoáy ác tính mà hậu quả tai hại là mắc vào cái bẫy thanh khoản và giảm phát.[13]